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人DNA损伤信号通路PCRTechnical service

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人DNA损伤信号通路PCR芯片

询 价下 载

 

PCR ARRAY介绍

PCR ARRAY又称PCR芯片,运用高通量荧光定量PCR方法,在一张96孔或384孔板上同时对某个信号通路或疾病相关基因的表达量变化进行检测,芯片上的基因包括了与研究对象有确定关系的基因或者待考证的基因;目前AG生物针对不同的信号通路和疾病相关基因设计了150多款功能分类PCR芯片,涵盖生命科学研究的各个领域。


DNA损伤信号通路PCR芯片介绍

   AG生物的人DNA损伤PCR ARRAY含有84个与人DNA损伤相关的基因,包括ATM/ATR信号基因,DNA修复基因(核酸切除修复、碱基切除修复、错配修复、双链断裂修复及其他),凋亡基因,细胞周期相关基因


产品说明

产品名称

DNA损伤信号通路PCR芯片

英文名称

Human DNA Damage Signaling Pathway PCR Array

货    号

sp-TWCPAHM-0003

基因数目

84

基因名称

见基因列表

单    价

1260/

样本类型

细胞,组织等

项目周期

2周(不含节假日)

实验结果

原始数据,数据分析

技术原理

*相对定量,SYBR Green

*相对定量:用于测定一个测试样本中目标基因与校正样本中同一基因表达的相对变化。校正样本可以是一个未经处理的对照或者是在一个实验研究中处于零时的样本


服务特点

1. 只需提供样品

2. 数据分析多样性选择

3. 中低通量,一次性检测多个相关基因的表达水平

4. 周期短

5. 结果不需要qPCR验证


服务流程

1. 确定实验方案,签合同

2. 样品寄出(-80℃顺丰寄出)

3. 收样后进行质控

4. 质控过关,上机检测

5. 数据分析


样品预处理方法

为了避免样品中RNA降解,需对样品进行预处理。

样品类型

处理方法

送样量

贴壁细胞

倒出培养液,用 1×PBS 清洗一次。
10 cm2生长的培养细胞中加入 1-2 ml trizol,轻微晃动,确保使裂解液均匀分布于细胞表面。将内含细胞的裂解液转移至离心管中-80℃保存

至少1×106个细胞

悬浮细胞

将悬浮培养细胞连同培养液一起倒入离心管中,8,000 g 4℃离心2 分钟,弃上清。
向细胞中加入 1 ml trizol-80℃保存

至少1×106个细胞

组织(动物器官类)

离心管中加1 ml trizol,确保浸没组织,-80℃保存

至少20mg,约小黄豆大小

 

检测流程:

1. 样品总RNA提取

2. RNA质量检测,检测RNA纯度及完整度,提供RNA质量报告;

3. cDNA合成,使用逆转录酶,将样品RNA逆转录为cDNA

4. 实时定量PCR反应;

5. 数据分析,计算PCR芯片中的各个Ct值,采用ΔΔCt方法比较基因的表达变化,并利用公司自主开发的数据分析软件进行比较。

 

数据图

 

火山图——是在一张图中利用P值和表达差异值分析做图,可以非常的直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。

 

 

维恩图——不同的实验组(集合)之间的基因的相互关系。

 

 

柱状图——能够直观的反映不同样本的基因表达情况的差异。

 

散点图——用两组数据构成多个坐标点,考察坐标点的分布,判断两变量之间是否存在某种关联或总结坐标点的分布模式。

 

 

热图——热图是对实验数据分布情况进行分析的直观可视化方法,可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示,还可以对数据和样品进行聚类,观测样品质量。

 

 

基因列表 

ATM/ATR Signaling: ATM, ATR, ATRIP, BARD1, BRCA1, CDC25A, CHEK1, CHEK2 (RAD53), CSNK2A2, FANCD2, H2AFX, HUS1, MDC1, PARP1 (ADPRT1), RAD1, RAD17, RAD50, RAD9A, RBBP8, RNF168, RNF8, SMC1A, TOPBP1, TP53.

 

DNA Repair:

Nucleotide Excision Repair: CDK7, DDB1, DDB2, ERCC1, ERCC2 (XPD), LIG1, NTHL1, OGG1, PCNA, PNKP, RPA1, SIRT1, TP53, XPA, XPC.

Base-Excision Repair: APEX1, FEN1, LIG1, MBD4, MPG, NTHL1, OGG1, PARP1 (ADPRT1), PCNA, TP53, UNG, XRCC1.

Mismatch Repair: ABL1, EXO1, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, PCNA, PMS1, PMS2, TP73.

Double Strand Break Repair: ATM, BLM, BRCA1, CHEK1, H2AFX, HUS1, LIG1, MDC1, MLH1, MRE11A, NBN (NBS1), PRKDC, RAD50, RAD51, RPA1, TP53BP1, XRCC2, XRCC6 (G22P1).

Other Genes: ATR, ATRIP, ATRX, BARD1, BRIP1, CHEK2 (RAD53), CIB1, CRY1, FANCA, FANCD2, FANCG, GADD45A, GADD45G, RAD1, RAD17, RAD18, RAD21, RAD51B, RAD9A, RBBP8, REV1, RNF168, RNF8, SMC1A, SUMO1, TOPBP1, XRCC3.

 

Apoptosis: ABL1, ATM, BARD1, BAX, BBC3, BRCA1, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), CHEK2 (RAD53), CIB1, CSNK2A2, PPP1R15A (GADD34), PRKDC, RAD21, RAD9A, SIRT1, TP53, TP73.

 

Cell Cycle: ATM, ATR, ATRIP, CDC25A, CDC25C, CDK7, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), CHEK1, CHEK2 (RAD53), DDIT3 (GADD153/CHOP), MAPK12, MCPH1, MDC1, PPM1D, PPP1R15A (GADD34), TP53, TP73.

 

参考文献

Zhu J J, Liu Y F, Zhang Y P, et al. VAMP3 and SNAP23 mediate the disturbed flow-induced endothelial microRNA secretion and smooth muscle hyperplasia[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017, 114(31): 8271-8276. (IF9.661)

Zheng H S, Guo W Q, Wu Q L, et al. Electro-peroxone pretreatment for enhanced simulated hospital wastewater treatment and antibiotic resistance genes reduction[J]. Environment international, 2018, 115: 70-78. (IF7.088)

Pu C, Liu H, Ding G, et al. Impact of direct application of biogas slurry and residue in fields: In situ analysis of antibiotic resistance genes from pig manure to fields[J]. Journal of Hazardous Materials, 2018, 344: 441-449.IF6.065

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